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Coffee Genetics24

Roche 454 Life Sciences Emulsion-PCR Sequencing : 2세대 DNA 시퀀싱 1세대 DNA 시퀸싱 (염기서열분석) 포스트에서 언급된 바와 같이, 시험관 내 증폭(in vitro amplification) 및 핵산 검출 (detection of nucleic acids), 병렬 처리(parallel processing) 및 생물정보학(bioinformatics)과 같은 다양한 분야의 기술적 혁신 (Diaz et al., 2011, 2014; Esteban et al., 2013; Galvez et al., 2010, 2011)은 당시 ‘next-generation 차세대’라고도 알려진 2세대 핵산 서열 분석 플랫폼의 개발을 가능케 했다. 여기에는 대량의 스타팅 핵산 분자가 필요한 전략이 포함되어 최신 기술과 비교할 때 중간 처리량 결과를 생성한다. 2005년부터 이러한 새로운 어푸.. 2024. 7. 6.
1세대 DNA 시퀀싱 비세포 유기체 (virusoids, viroids and viruses) 외에도 세포 유기체는 6개 계 (kingdoms) (bacteria, protozoa,  chromista, plantae, fungi and animalia)으로 분류될 수 있으며, 이는 두 empires (prokaryota-원핵생물과 eukaryota-진핵생물)에 해당한다 (Cavalier-Smith, 2004). 비세포 개체, 단세포 및 다세포 생물의 유전자형 (genotype) (structural genomics)에 따라 표현형(phenotype)이 결정되며, 이는 결국 의인관(anthropomorphic) 및 생명공학적 관점에서 잠재적으로 유익할 수도 있고 위험할 수도 있다. 실제로, 표현형(phenotype)은 게놈의.. 2024. 7. 1.
식물 세포, 핵, DNA, 유전자, 게놈 식물 세포 구조 (Plant Cell Structure)식물은 세포막으로 둘러싸인 핵 (nuclei)과 소기관( organelles)을 가진 유기체인 진핵생물 (eukaryotes) 중에서 독특하다.  왜냐하면 식물은 스스로 영양분을 생산할 수 있기 때문이다. 식물에 녹색을 주는 엽록소 (Chlorophyll)는 햇빛을 사용하여 물과 이산화탄소를 세포가 연료로 사용하는 화학 물질인 당 (sugars)과 탄수화물 (carbohydrates)로 전환할 수 있게 해준다. 진핵생물 (eukaryotes)의 또 다른 계인 곰팡이(fungi)와 마찬가지로, 식물 세포도 원핵생물 조상 (prokaryotic ancestors)의 보호 세포벽 구조 (protective cell wall structure)를 유지해 왔.. 2024. 6. 29.
아라비카 커피의 기원과 多樣化 歷史 (Coffea arabica diversification history) 전 세계인들이 가장 즐겨 마시는 아라비카 커피의 게놈 연구를 통한 아라비카 커피의 탄생 비밀과 기원 스토리를 과학적으로 밝힌 엄청난 논문이 국제 학술지 『'Nature Genetics' 네이처 유전학』 2024년 4월호의 표지를 장식하며 발표되었다. 에티오피아 고원이 원산지인 아라비카 커피는 15세기 예멘에서 재배되었다. 아시아와 아메리카에 도착하는 모험적인 상황에 대해 자세히 조사하지 않고도 새로운 재배지역에 대해 초기 개체군은 매우 적은 수의 개체 또는 심지어 몇 개의 종자에서 유래했다는 점에 주목할만한 가치가 있다. 따라서 전문가들은 현재 전 세계 아라비카 개체수의 유전적 기반이 제한적이라고 말한다 (유전적 다양성이 낮다는 의미). 아라비카 커피 나무는 50만 년 전 두 야생 종인 Coffea ca.. 2024. 6. 15.
아라비카 커피 기원의 싱글 다배체화 사건이 극히 낮은 유전적 변이의 원인 Coffea arabica는 C. eugenioides와 C. canephora에 가장 밀접하게 관련된 두 종 간의 이종교배 (hybridization)로 인해 생성된 allopolyploid species (이질배수체 종) (2n = 4x = 44)이다. [1]  C. arabica의 이질배수체 종분화 (allopolyploid speciation)는 지금으로부터 10,000년 또는 665,000년에 달하는 것으로 추정되는 넓은 시간 간격을 가지고 있다 [2,3]. 많은 열대 나무 작물들과 달리, 아라비카 커피는 클론으로 번식하지 않는다. 재배품종들과 재래 원시품종들 (landraces)이 일반적으로 종자로 번식된다. 교배 시스템은 주로 자가수정 (self-fertilization)을 기반으로 하지만,.. 2024. 6. 5.
SSR Genotyping 일반적으로 SSRs 또는 미소부수체(microsatellites)로 알려진 단순 반복 염기서열 (Simple sequence repeats)은진핵생물 게놈(eukaryotic genomes)에서 발견되는반복적인 DNA 서열(repetitive DNA sequence)의 한 유형이다.  SSR은 [A]n (모노뉴클레오티드 모티프 mononucleotide motif) 또는          [CT]n (디뉴클레오티드 모티프 dinucleotide motif)과 같은          짧은 (1-6 bp) 모티프의 반복으로 구성된다 [1]. 식물에서는 게놈 서열(genomic sequence) 50kbp마다 대략 하나의 SSR이 있다 [2].   ♣ bp = base pair (DNA 길이를 나타내는 단위) S.. 2024. 5. 14.
Molecular characterisation and origin of the Coffea arabica L. genome Restriction fragment length polymorphism (RFLP) 제한 단편 길이 다형성 마커를 genomic in situ hybridisation (GISH)와 함께 사용하여 이질사배체 (allotetraploid) 종 Coffea arabica (2n = 44)의 기원을 조사했다.잠재적인 이배체(diploid) 조상 종들의 RFLP 패턴을 C. arabica의 RFLP 패턴과 비교함으로써, C. arabica에서 결합된 두 세트의 염색체 또는 게놈의 출처가 확인되었다. C. arabica의 게놈 조직은 두 추정 게놈 공여자 종들로부터 동시에 표지된 전체 게놈 DNA를 프로브(probes)로 사용하여 GISH에 의해 확인되었다.이러한 결과는 C. arabica가 C. eugenio.. 2024. 5. 8.
Authentication of Coffea arabica Varieties through DNA Fingerprinting and its Significance for the Coffee Sector 배경: 커피 재배에 가장 적합한 품종을 찾는 것이 지속 가능한 생산과 마케팅을 위한 핵심조건으로 점점 더 간주되고 있다. 커피 녹병 및 기타 질병에 대한 취약성(susceptibility), 기후 변화에 대한 적응, 스페셜티 시장의 높은 컵 품질에 따라 품종 성과가 달라진다. 그러나 빈약한  조직과 프로페셔날한 커피 종자 섹터의 부족으로 인해, 대부분의 기존 커피 농장들 (심지어 종자 재배지 및 묘목장도)은 어떤 품종을 사용하고 있는지 모른다. 커피 플랜팅 재료의 DNA fingerprinting은 커피 종자 섹터의 분야의 전문화에 기여할 것이다. 목적: 본 논문의 목적은 i) 8개의 SRR (Single Sequence Repeats marker)을 기반으로 하는 기존 커피 DNA 핑거 프린팅 방법의 .. 2024. 4. 29.
Characterization of microsatellite loci in Coffea arabica and related coffee species 커피나무 (family Rubiaceae, 꼭두서니科)는 코페아(Coffea)와 실란투스(Psilanthus)의 두 속(genera)으로 분류된다. 경제적으로 중요한 두 가지 재배 종인 C. arabica L.과 C. canephora Pierre를 포함하는 Coffea 속에 특별한 관심이 기울여졌다. C. arabica (2n = 4× = 44)는 複二倍體 (amphidiploid) (Lashermes et al. 1999)인 반면, 다른 Coffea 종은 2배체 (diploid)(2n = 2 × = 22)이다.Coffea 종의 분자 계통학(Molecular phylogenies)이 성공적으로 정립되었다 (Cros et al. 1998). 이러한 분석은 강력한 지리적 관련성(correspondence).. 2024. 4. 29.
아라비카 커피 재배 품종들의 기원 The Origin of Cultivated Coffea arabica L. Varieties revealed By AFLP and SSR Markers 18세기 초부터 예멘에서 퍼져 전 세계적으로 재배되는 대부분의 아라비카 품종을 탄생시킨 커피(즉, Typica와 Bourbon)의 유전적 베이스들  간의 그리고 내의 다형성(polymorphism)을 평가하는데 분자 마커들(molecular markers)이 사용되었다.전파된 베이스들로부터 유래된 11개의 아라비카 액세션들이 6개의 미세부수체(microsatellites)에 의해 생성된 37개의 프라이머 조합(primer combinations) 및 단순 서열 반복(simple-sequence repeats, SSR)을 사용하여 AFLP(amplified fragment length polymorphism , 증폭된 단편 길이 다형성)에 의해 평가되었다.예멘에서 자라는 4개의 재배품종들과, 종 다양성의 .. 2024. 4. 15.

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