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코페아 퍼스튤라타, 코페아 마이크로두바르디, 코페아 루피콜라, 코페아 칼만데리, 코페아 다라이넨시스, 코페아 칼로비노넨시스 6가지 신종 커피(코페아) - 마다가스카르 북부 Summary 과학계에 새로운 6종의 코페아가 새롭게 발견되었다:  🌲 코페아 칼만데리 (Coffea callmanderi),  🌲 코페아 다라이넨시스 (C. darainensis),  🌲 코페아 칼로비논엔시스 (C. kalobinonensis),  🌲 코페아 마이크로두바르디 (C. microdubardii),  🌲 코페아 퍼스튤라타 (C. pustulata),  🌲 코페아 루피콜라 (C. rupicola).6종 모두 마다가스카르 북부 고유종이며, 4종은 특정 산림 지대에서만의 제한적 토착종이다. 분포도, 보호 평가, 생물계절학, 분류학적 주석을 포함한 관련 정보가 제공되고, 2종은 선화로 그려져 있다.   Introduction 마다가스카르 (.. 2024. 9. 16.
野生 시에라리온 커피(코페아 스테노필라)의 表現型 多樣性 Abstract 커피는 시에라리온의 주요 현금 및 수출 작물이며 주로 남부 및 동부 지방에서 재배된다.케네마(Kenema), 카일라훈(Kailahun), 모얌바 (Moyamba), 보(Bo), 푸제훈(Pujehun) 및 코노(Kono)는 이 나라의 주요 커피 재배 지역이다.본 연구는 케네마 및 모얌바 지역의 희귀하고 야생인 Coffea stenophylla의 표현형 다양성 범위를 살펴본다.섀넌-위버 다양성 지수(Shannon-Weaver diversity index, H’)는 관찰된 13가지 형태적 특성에 대한 샘플 간의 차이를 보여주었으며, 이는 과일 색상과 꽃받침 지속성 (calyx limb persistence)의 경우 0에서 주줄기(main stem)의 1차 가지(primary branches) .. 2024. 9. 4.
코페아 브레비피스, 콘젠시스, 스테노필라 야생커피종 3가지 야생커피종 (코페아 브레비피스, 콘젠시스, 스테노필라)의 잠재적 음료품질과 작물 이용의 고려사항 Abstract  배경: 알려진 130가지의 커피(Coffea) 種 중에서 음료 품질에 대해 적절하게 평가된 種은 매우 적다. 야생 커피 종의 다양성은 특히 기후 변화에 따른 커피 부문의 장기적 지속가능성에 중요한 것으로 여겨진다. 과제는 현재와 미래의 변화하는 기후 조건과 플레이버에 대한 소비자 요구사항을 충족하는 농경적 기준을 충족하는 커피 작물을 찾는 것이다. 우리는 4개의 독립적인 센서리 패널을 통해 3種의 야생 커피 종의 센서리 특성과 문헌 고찰을 기반으로 이러한 야생 종의 주요 환경/농업적 요구 사항을 평가했다. 결과: Coffea congensis와 C. stenophylla는 C. ara.. 2024. 9. 1.
스테노필라 커피의 플레이버 테이스팅 ‘Forgotten’ coffee species 과학자들은 서아프리카의 희귀하고 멸종 위기에 처한 커피 종인 코페아 스테노필라 (Coffea stenophylla)가 기후 변화 속에서 맛있는 커피의 미래를 보장할 잠재력이 있다고 밝혔다. 앞선 포스트에서 언급된 바와 같이, 2018년 야생에서 다시 발견된 이 스테노필라 커피는 고온에 대한 내성과 뛰어난 풍미라는 독특한 조합을 가지고 있어 기후 변화에 취약한 커피 산업에 생명줄을 던졌다고 표현되었다. Nespresso & 제이콥스 도우웨 에그버트 (JDE)의 패널리스트와 함께 한 독립적이고 전문적인 테이스팅  결과, 스테노필라 커피의 플레이버는 스페셜티 커피 기준은 넘어서는 것으로 나타났다.  2021년 4월 19일 Nature Plants誌에 『 Arab.. 2024. 8. 30.
스테노필라 커피 (Coffea stenophylla)의 재발견 2018년 그리니치 대학교 농생태학 교수인 Jeremy Haggar 박사와 런던의 큐 왕립식물원 커피연구 책임자이자 작물 및 지구 변화 부문의 선임 연구책임자 Aaron Davis 박사는 시에라리온 커피 재배 및 개발전문가 Daniel  Sarmu와 협력하여 야생에서 이 종을 찾아내려고 했다. 그들은 RBG Kew의 역사적 표본을 사용하여 스테노필라 커피의 마지막으로 알려진 지역에 대한 세부 정보를 제공했다. NGO Welthungerhilfe와 시에라리온 임업부의 지원을 받아 그들은 주요 목표 위치를 방문했고, 그곳에서 스테노필라 커피 한 그루만 발견했다. 동쪽으로 이동하여 다른 삼림 지역을 방문했고, 울창한 삼림을 몇 시간 동안 트레킹한 후 마침내 건강한 개체군을 찾았다.   요약Coffea arab.. 2024. 8. 29.
코페아 앤서니 (Coffea anthonyi) 카메룬(Cameroon)과 콩고 공화국(Republic of Congo)의 코페아 앤서니 Coffea anthonyi Stoff. & F. Anthony가 공식적으로 기술된다. 형태학적, 생화학적 및 분자적 특성, 아이소자임(동질효소, isozyme) 다양성 및 계통발생론적 관계가 논의된다. 이 새로운 이배체 종은 동아프리카 C. eugenioides 및 이질사배체 재배 C. arabica와 강한 관계가 있다. 따라서 C. arabica의 조상 종과 관련이 있을 수 있다. 이 새로운 종은 자가-화합적(self-compatible)이며, 이는 Coffea 속 내에서 희귀한 특성이다. 이 새로운 소엽의 중앙 아프리카 종은 계통발생론적 관점 뿐만 아니라 육종 관점에서도 특히 관심을 끈다.    ■ INTROD.. 2024. 8. 27.
리베리카 커피 20세기 초에 리베리카 커피가 세계적 작물 식물로서 실패한 것은 여러 요인 때문인데, 여기에는 세계적 보급을 위한 부적절한 재료 선택도 포함된다. 이 종에 대한 새로운 관심, 특히 엑셀사 변종에 대한 관심은 커피 공급망 전반에 걸쳐 분명하게 드러난다. 온난화되는 세상에서, 그리고 공급망이 붕괴된 시대에 리베리카 커피는 주요 작물 식물로 다시 부상할 수 있다.   세계의 커피 공급은 아라비카 (Coffea arabica; 세계 생산량의 약 55%)와 로부스타 (C. canephora; 세계 생산량의 약 45%)의 두 종에 달려 있다 [1]. 2021년과 2022년에 이 두 작물 종의 세계적 재고가 부족해 커피 가격이 급등했고, 아라비카의 경우 단기적으로 상품 가격이 두 배로 뛰었다 [2]. 생산 부족은 가.. 2024. 8. 15.
카페인-프리 커피나무 C. charrieriana 세계에서 가장 중요한 무역 상품 중 하나인 커피는 50개 이상의 열대 개발도상국에서 재배되고 있으며, 최소 1억 명에게 중요한 소득원과 고용원을 제공한다 (Vega, Rosenquist & Collins, 2003). Coffea arabica L.과 C. canephora Pierre ex A. Froehner의 두 종이 전 세계 커피의 약 99%를 생산한다. 이들은 Coffea 아속(Rubiaceae과)에 속하며, 여기에는 아프리카(41종), 마다가스카르(51종) 및 마스카렌(3종)의 열대림 고유 야생종도 포함된다 (Davis et al., 2006). 지난 20년 동안 이 屬의 분류학은 근본적으로 개정되었고 많은 새로운 종이 기술되었다 (Bridson & Verdcourt, 1988; Stoffel.. 2024. 8. 13.
커피의 다양성과 게놈 진화 1. Introduction 작물 다양성(Crop diversity)은 ⇒ 지속 가능한 농업 생산의 핵심. 이는 오늘날의 생산을 뒷받침하고 급변하는 세계에 맞서 내일의 지속적인 공급을 보장하는데 필요한 원자재를 제공한다. 種의 유전적 다양성(genetic diversity)이 넓을수록⇒ 질병, 해충, 날씨 변화와 같은 문제에 대처할 수 있는 회복력(capacity for resilience)이 더 커진다.전 세계적으로 커피 생산이 ⇒ 게놈 및 표현형 다양성이 감소된 (reduced genomic and phenotypic diversity)                      수의 재배품종 (cultivars)에 의존하고 있는 반면, 야생 커피나무는 ⇒  엄청난 유전적 다양성을 보유하고 있다. 커피가 .. 2024. 8. 11.
커피나무와 유전학 서론 Introduction커피 음료 ⇒ 식물의 꼭두서니科(family Rubiaceae) 코페아 屬(genus Coffea)에 속하는 나무들의                   로스트 된 씨앗들에서 나온다. 커피 나무 (coffee plants)는 ⇒ 아프리카에서 발견, 궁극적으로 전세계의 국가들에 전파.⇒ 이 여정을 따라,     ┌ 더 높은 생산성(higher productivity),    ├ 질병 저항성(resistance to diseases),    └ 더 우수한 컵 품질(superior cup quality)에 대한 필요를 충족하는 선정된 품종들로부터         많은 새로운 재배품종들이 만들어졌고, ⇒ 시간이 지남에 따라 새로운 야생 변종들도 역시 발견되어왔다.현재, genus Coffea 내.. 2024. 8. 9.
세포핵 내 유전체 접힘의 3차원 구조 롱 레이지 상호작용에 대한 포괄적 매핑이 인간 유전체 접힘의 원리를 밝히다(세포핵내 유전체 접힘의 3차원 구조)우리는 근접성-기반 접합 (proximity-based ligation)과 대량 병렬 시퀀싱 (massively parallel sequencing)을 결합하여, 전체 게놈의 3차원 구조 (three-dimensional architecture of whole genomes)를 조사하는 방법인 Hi-C를 설명한다.우리는 1 megabase의 해상도에서 Hi-C로 인간 게놈의 공간 근접성 맵 (spatial proximity maps)을 구축했다.이 맵은염색체 영역의 존재 (presence of chromosome territories)와작고 유전자가 풍부한 염색체(small, gene-rich .. 2024. 7. 31.
2024/2025 케냐 커피 생산 전망 USDA FAS post는 2024/25년에 수확 면적 정체와 수확량 감소로 인해 케냐의 커피 생산량이 6.3% 감소하여 750,000 bags (60kg)에 이를 것으로 예측했다.수확 면적이 105,000 헥타르로 정체된 것은 도시 주변 지역의 커피 농장을 부동산으로 전환하는 속도가 둔화되었기 때문이다.또한, 인증 식재 자재의 유일한 공급업체인 케냐커피연구소 (CRI)의 자금 제약으로 인해, 인증 식재 자재가 지속적으로 부족해, 새로운 커피 농장 설립이 어려움을 겪고 있다.케냐 커피 생산은 또한 투입물에 대한 제한된 접근과 농민에 대한 지원 확대로 인한 낮은 수확량의 영향을 받을 것이다.2023년 7월 케냐 정부(GOK)는 마케팅 대행사를 폐지하고 기업이 가치 사슬 전반에 걸쳐 다중 라이센스를 보유하는.. 2024. 7. 24.
아라비카 커피의 염색체-규모 어셈블리 - 染色體 異常 및 交換 이탈리아, 미국, 프랑스 국제 공동 연구팀은 전 세계 커피 생산량의 약 60%를 차지하는 아라비카 커피의 유전체를 완전히 분석하는 데 성공했다. 이번 연구에는 이탈리아 생명과학 연구기업 응용유전체학연구소(IGA)와 이탈리아 대표 커피 기업 Lavazza 그룹, 우디네大, 베로나大, 미국 비영리 농업 연구기관 세계커피연구(WCR), 프랑스 몽펠리에大 과학자들이 참여했다. 이 연구 결과는 기초과학 및 공학 분야 국제 학술지 『네이처 커뮤니케이션스』 2024년 1월 24일 자에 실렸다. 연구팀은 최신 시퀀싱 기술로 아라비카 커피의 지금까지 알려지지 않았던 영역을 포함해 그동안 조금씩 알려진 유전체 일부분을 조합, 완전한 유전체 조립(게놈 어셈블리)을 하는 데 성공했다. 동시에 커피의 여러 종에서 수집한 174.. 2024. 7. 24.
Oxford Nanopore Technologies Sequencing - 3세대 시퀀싱 Nanopores의 개념과 시퀀싱 기술에서의 사용은 1990년대 중반에 나타났다. 수년간의 발전과 개발을 통해 Oxford Nanopore 기술은 2008년에 이 기술을 라이선스했다. 나노포어는 나노미터 폭의 채널로, 세 가지 유형이 있다.(1) biological : 막 내 포어 형성 단백질에 의해 형성된 포어, 예를 들어 α-헤모리신;(2) solid-state : 합성 물질에 의해 형성되거나 화학적으로 파생된 포어 (예: 실리콘 및 그래핀) 또는(3) hybrid : 포어 형성 단백질과 같은 생물학적 제제에 의해 형성된 포어가 합성 물질에 캡슐화된다. 위에서 언급한 모든 시퀀서와 달리 Nanopore DNA 시퀀서는 뉴클레오티드의 라벨링이나 검출이 필요하지 않다.이 기술은 DNA 분자가 Nanopo.. 2024. 7. 21.
Complete Genomics cPAL Sequencing - 3세대 시퀀싱 BusinessComplete Genomics는 SBH(Sequencing-by-Hybridisation) 어프로치를 기반으로 한 DNA 시퀀싱 플랫폼을 개발하기 위해 2006년에 설립되었다.  창립자 중 한 명(Drmanac 박사)은 1980년대부터 SBH에서 오랫동안 학술 활동을 해왔다. Drmanac의 SBH 작업의 상업적 역사는 Complete 이전에 HySeq의 자회사로 2001년에 설립된 Callida Genomics라는 회사에서 시작된다. 현재 Complete Genomics에서 사용하는 방법을 참조하는 Callida Genomics 특허가 있으며 이는 현재 할당되었다. Drmanac은 또한 Hyseq를 공동 창립했으며 일부 SBH 작업이 그곳에서 진행된 것으로 보인다.  따라서 Comple.. 2024. 7. 19.
PacBio SMRT Sequencing - 3세대 DNA 시퀀싱 Overview 게놈은 진화, 적응 및 질병과 관련된 많은 긴 반복적 요소들, 복제 수 변경(copy number alterations) 및 구조적 변이로 인해 매우 복잡하다는 것이 분명해졌다. 그러나 이러한 복잡한 요소 중 다수는 너무 길어서 short-read paired-end 기술로는 이를 해결하기에 부족하다. Long-read sequencing은 수 킬로베이스를 초과하는 reads를 제공하여 이러한 큰 구조적 특징을 확인할 수 있다. 이러한 long reads는 single continuous read로 복잡하거나 반복적인 영역에 걸쳐 있을 수 있으므로, 게놈 요소의 위치나 크기의 모호성을 제거한다. Long reads는 전체 mRNA transcripts (전사체)를 포괄할 수 있으므로, 연.. 2024. 7. 17.
Helicos BioSciences True Single-Molecule Sequencing - 3세대 시퀀싱 고속, 고감도 True Single Molecule Sequencing (tSMS) 분야의 선구자, 비증폭 단일 분자 기반 기술 (Non-Amplified Single Molecule-Based Technology)을 사용하여 최초의 성공적인 M13 시퀀싱 수행 고속 시퀀싱 분야에서 최초로 달성한 성과로, Helicos BioSciences는 오늘 (2005.12.20) SimplePrep genome preparation technique과 함께 non-amplified True Single Molecule Sequencing (tSMS) technology를 활용하여 M13 게놈을 성공적으로 시퀀싱했다고 발표했다.  M13의 시퀀싱은 소위 호모폴리머 시퀀스를 포함한 전체 게놈에서 수행되었다. "이것은.. 2024. 7. 16.
Ion Semiconductor Sequencing 아이온 반도체 시퀀싱 (Ion semiconductor sequencing)은 MPS에 대한 대체 접근 방식이며 중합 (polymerization) 또는 새로운 DNA 가닥의 합성 (synthesis of new DNA strands) 중에 방출되는 수소 이온의 검출(detection of hydrogen ions released)에 의존한다 (Rothberg et al., 2011; Merriman et al., 2012).  이 방법은 또한 주형 가닥의 서열(sequence of a template strand)을 사용하여 만들어진 상보적 가닥 (complementary strand)을 포함한다. ePCR 후, 클론 증폭된 주형 DNA가 포함된 비드는 수백만 개의 마이크로웰이 포함된 칩 위에서 세척된.. 2024. 7. 15.

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