전체 글106 세포핵 내 유전체 접힘의 3차원 구조 롱 레이지 상호작용에 대한 포괄적 매핑이 인간 유전체 접힘의 원리를 밝히다(세포핵내 유전체 접힘의 3차원 구조)우리는 근접성-기반 접합 (proximity-based ligation)과 대량 병렬 시퀀싱 (massively parallel sequencing)을 결합하여, 전체 게놈의 3차원 구조 (three-dimensional architecture of whole genomes)를 조사하는 방법인 Hi-C를 설명한다.우리는 1 megabase의 해상도에서 Hi-C로 인간 게놈의 공간 근접성 맵 (spatial proximity maps)을 구축했다.이 맵은염색체 영역의 존재 (presence of chromosome territories)와작고 유전자가 풍부한 염색체(small, gene-rich .. 2024. 7. 31. 2024/2025 케냐 커피 생산 전망 USDA FAS post는 2024/25년에 수확 면적 정체와 수확량 감소로 인해 케냐의 커피 생산량이 6.3% 감소하여 750,000 bags (60kg)에 이를 것으로 예측했다.수확 면적이 105,000 헥타르로 정체된 것은 도시 주변 지역의 커피 농장을 부동산으로 전환하는 속도가 둔화되었기 때문이다.또한, 인증 식재 자재의 유일한 공급업체인 케냐커피연구소 (CRI)의 자금 제약으로 인해, 인증 식재 자재가 지속적으로 부족해, 새로운 커피 농장 설립이 어려움을 겪고 있다.케냐 커피 생산은 또한 투입물에 대한 제한된 접근과 농민에 대한 지원 확대로 인한 낮은 수확량의 영향을 받을 것이다.2023년 7월 케냐 정부(GOK)는 마케팅 대행사를 폐지하고 기업이 가치 사슬 전반에 걸쳐 다중 라이센스를 보유하는.. 2024. 7. 24. 아라비카 커피의 염색체-규모 어셈블리 - 染色體 異常 및 交換 이탈리아, 미국, 프랑스 국제 공동 연구팀은 전 세계 커피 생산량의 약 60%를 차지하는 아라비카 커피의 유전체를 완전히 분석하는 데 성공했다. 이번 연구에는 이탈리아 생명과학 연구기업 응용유전체학연구소(IGA)와 이탈리아 대표 커피 기업 Lavazza 그룹, 우디네大, 베로나大, 미국 비영리 농업 연구기관 세계커피연구(WCR), 프랑스 몽펠리에大 과학자들이 참여했다. 이 연구 결과는 기초과학 및 공학 분야 국제 학술지 『네이처 커뮤니케이션스』 2024년 1월 24일 자에 실렸다. 연구팀은 최신 시퀀싱 기술로 아라비카 커피의 지금까지 알려지지 않았던 영역을 포함해 그동안 조금씩 알려진 유전체 일부분을 조합, 완전한 유전체 조립(게놈 어셈블리)을 하는 데 성공했다. 동시에 커피의 여러 종에서 수집한 174.. 2024. 7. 24. Oxford Nanopore Technologies Sequencing - 3세대 시퀀싱 Nanopores의 개념과 시퀀싱 기술에서의 사용은 1990년대 중반에 나타났다. 수년간의 발전과 개발을 통해 Oxford Nanopore 기술은 2008년에 이 기술을 라이선스했다. 나노포어는 나노미터 폭의 채널로, 세 가지 유형이 있다.(1) biological : 막 내 포어 형성 단백질에 의해 형성된 포어, 예를 들어 α-헤모리신;(2) solid-state : 합성 물질에 의해 형성되거나 화학적으로 파생된 포어 (예: 실리콘 및 그래핀) 또는(3) hybrid : 포어 형성 단백질과 같은 생물학적 제제에 의해 형성된 포어가 합성 물질에 캡슐화된다. 위에서 언급한 모든 시퀀서와 달리 Nanopore DNA 시퀀서는 뉴클레오티드의 라벨링이나 검출이 필요하지 않다.이 기술은 DNA 분자가 Nanopo.. 2024. 7. 21. Complete Genomics cPAL Sequencing - 3세대 시퀀싱 BusinessComplete Genomics는 SBH(Sequencing-by-Hybridisation) 어프로치를 기반으로 한 DNA 시퀀싱 플랫폼을 개발하기 위해 2006년에 설립되었다. 창립자 중 한 명(Drmanac 박사)은 1980년대부터 SBH에서 오랫동안 학술 활동을 해왔다. Drmanac의 SBH 작업의 상업적 역사는 Complete 이전에 HySeq의 자회사로 2001년에 설립된 Callida Genomics라는 회사에서 시작된다. 현재 Complete Genomics에서 사용하는 방법을 참조하는 Callida Genomics 특허가 있으며 이는 현재 할당되었다. Drmanac은 또한 Hyseq를 공동 창립했으며 일부 SBH 작업이 그곳에서 진행된 것으로 보인다. 따라서 Comple.. 2024. 7. 19. PacBio SMRT Sequencing - 3세대 DNA 시퀀싱 Overview 게놈은 진화, 적응 및 질병과 관련된 많은 긴 반복적 요소들, 복제 수 변경(copy number alterations) 및 구조적 변이로 인해 매우 복잡하다는 것이 분명해졌다. 그러나 이러한 복잡한 요소 중 다수는 너무 길어서 short-read paired-end 기술로는 이를 해결하기에 부족하다. Long-read sequencing은 수 킬로베이스를 초과하는 reads를 제공하여 이러한 큰 구조적 특징을 확인할 수 있다. 이러한 long reads는 single continuous read로 복잡하거나 반복적인 영역에 걸쳐 있을 수 있으므로, 게놈 요소의 위치나 크기의 모호성을 제거한다. Long reads는 전체 mRNA transcripts (전사체)를 포괄할 수 있으므로, 연.. 2024. 7. 17. Helicos BioSciences True Single-Molecule Sequencing - 3세대 시퀀싱 고속, 고감도 True Single Molecule Sequencing (tSMS) 분야의 선구자, 비증폭 단일 분자 기반 기술 (Non-Amplified Single Molecule-Based Technology)을 사용하여 최초의 성공적인 M13 시퀀싱 수행 고속 시퀀싱 분야에서 최초로 달성한 성과로, Helicos BioSciences는 오늘 (2005.12.20) SimplePrep genome preparation technique과 함께 non-amplified True Single Molecule Sequencing (tSMS) technology를 활용하여 M13 게놈을 성공적으로 시퀀싱했다고 발표했다. M13의 시퀀싱은 소위 호모폴리머 시퀀스를 포함한 전체 게놈에서 수행되었다. "이것은.. 2024. 7. 16. Ion Semiconductor Sequencing 아이온 반도체 시퀀싱 (Ion semiconductor sequencing)은 MPS에 대한 대체 접근 방식이며 중합 (polymerization) 또는 새로운 DNA 가닥의 합성 (synthesis of new DNA strands) 중에 방출되는 수소 이온의 검출(detection of hydrogen ions released)에 의존한다 (Rothberg et al., 2011; Merriman et al., 2012). 이 방법은 또한 주형 가닥의 서열(sequence of a template strand)을 사용하여 만들어진 상보적 가닥 (complementary strand)을 포함한다. ePCR 후, 클론 증폭된 주형 DNA가 포함된 비드는 수백만 개의 마이크로웰이 포함된 칩 위에서 세척된.. 2024. 7. 15. SOLiD Sequencing : 2세대 DNA 염기 서열 분석 SOLiD (Supported Oligonucleotide Ligation and Detection) System 2.0 플랫폼은 Applied Biosystems (http://www.solid.appliedbiosystems.com)에서 배포하는, 결찰(ligation)을 기반으로 하는 short-read sequencing 기술이다. 이 어푸로치는 George Church의 실험실에서 개발되었으며, Escherichia coli 게놈의 재배열과 함께 2005년에 보고되었다. Applied Biosystems는 이 기술을 개선하여 2007년에 SOLiD 기기를 출시했다. 샘플 준비는 DNA 단편이 올리고뉴클레오티드 어댑터(oligonucleotide adapters)에 결찰되고, 비드에 부착되고, 에.. 2024. 7. 14. Illumina Sequencing Technology - 2세대 DNA 시퀀싱 2006년에 Illumina라는 회사는 동시에 많은 수의 DNA 가닥을 동시에 서열 분석할 수 있는 DNA 서열 분석의 획기적인 발전을 발표했다. 이러한 빠른 속도 덕분에 전체 인간 게놈의 서열을 하루도 채 안 되는 시간에 분석할 수 있었다. 이 방법은 체인 종결(chain termination)에 의존하지 않는다는 점에서 이전 시퀀싱 방법과 다르다. 대신, 이 새로운 방법에서는 복제 DNA 가닥 (replicating DNA strand)에 새로운 염기가 추가될 때마다 해당 형광 신호가 방출되어 실시간으로 감지된다. NGS (Next-Generation Sequencing)에서는 많은 DNA 가닥이 세포에서 제거되어 더 작은 조각으로 잘린다. 그런 다음 이러한 단편을 반응 혼합물이 포함된 플로우 셀이.. 2024. 7. 11. Roche 454 Life Sciences Emulsion-PCR Sequencing : 2세대 DNA 시퀀싱 1세대 DNA 시퀸싱 (염기서열분석) 포스트에서 언급된 바와 같이, 시험관 내 증폭(in vitro amplification) 및 핵산 검출 (detection of nucleic acids), 병렬 처리(parallel processing) 및 생물정보학(bioinformatics)과 같은 다양한 분야의 기술적 혁신 (Diaz et al., 2011, 2014; Esteban et al., 2013; Galvez et al., 2010, 2011)은 당시 ‘next-generation 차세대’라고도 알려진 2세대 핵산 서열 분석 플랫폼의 개발을 가능케 했다. 여기에는 대량의 스타팅 핵산 분자가 필요한 전략이 포함되어 최신 기술과 비교할 때 중간 처리량 결과를 생성한다. 2005년부터 이러한 새로운 어푸.. 2024. 7. 6. 1세대 DNA 시퀀싱 비세포 유기체 (virusoids, viroids and viruses) 외에도 세포 유기체는 6개 계 (kingdoms) (bacteria, protozoa, chromista, plantae, fungi and animalia)으로 분류될 수 있으며, 이는 두 empires (prokaryota-원핵생물과 eukaryota-진핵생물)에 해당한다 (Cavalier-Smith, 2004). 비세포 개체, 단세포 및 다세포 생물의 유전자형 (genotype) (structural genomics)에 따라 표현형(phenotype)이 결정되며, 이는 결국 의인관(anthropomorphic) 및 생명공학적 관점에서 잠재적으로 유익할 수도 있고 위험할 수도 있다. 실제로, 표현형(phenotype)은 게놈의.. 2024. 7. 1. 식물 세포, 핵, DNA, 유전자, 게놈 식물 세포 구조 (Plant Cell Structure)식물은 세포막으로 둘러싸인 핵 (nuclei)과 소기관( organelles)을 가진 유기체인 진핵생물 (eukaryotes) 중에서 독특하다. 왜냐하면 식물은 스스로 영양분을 생산할 수 있기 때문이다. 식물에 녹색을 주는 엽록소 (Chlorophyll)는 햇빛을 사용하여 물과 이산화탄소를 세포가 연료로 사용하는 화학 물질인 당 (sugars)과 탄수화물 (carbohydrates)로 전환할 수 있게 해준다. 진핵생물 (eukaryotes)의 또 다른 계인 곰팡이(fungi)와 마찬가지로, 식물 세포도 원핵생물 조상 (prokaryotic ancestors)의 보호 세포벽 구조 (protective cell wall structure)를 유지해 왔.. 2024. 6. 29. 2024/2025 세계 커피 시장 개요 ▣ Colombia Production: Two Periods of Sharp Decline 콜롬비아는 아라비카와 로부스타 커피를 합쳐, 브라질과 베트남을 이어 세계에서 세 번째로 큰 커피 생산국이며, 브라질에 이어 두 번째로 큰 아라비카 생산국이다. 지난 20년 동안 콜롬비아 커피 재배자들은 극심한 기상 현상과 동시에 두 번의 급격한 연간 감소를 경험했다. 2024/25년 브라질 아라비카 커피 생산량은 증가할 것으로 예상되지만, 회복이 계속되면서 최근 최고치보다는 낮다. 이러한 상위 공급업체의 생산량 감소로 인해, 소비가 증가한 지난 10년간 세계 기말재고가 하락하는 추세를 보였다. 콜롬비아의 첫 번째 감소는, 폭우로 인해 습도가 증가하고 커피 녹이 발생하여 미발달 커피 체리가 땅에 떨어지는 비율이 .. 2024. 6. 21. 아라비카 커피의 기원과 多樣化 歷史 (Coffea arabica diversification history) 전 세계인들이 가장 즐겨 마시는 아라비카 커피의 게놈 연구를 통한 아라비카 커피의 탄생 비밀과 기원 스토리를 과학적으로 밝힌 엄청난 논문이 국제 학술지 『'Nature Genetics' 네이처 유전학』 2024년 4월호의 표지를 장식하며 발표되었다. 에티오피아 고원이 원산지인 아라비카 커피는 15세기 예멘에서 재배되었다. 아시아와 아메리카에 도착하는 모험적인 상황에 대해 자세히 조사하지 않고도 새로운 재배지역에 대해 초기 개체군은 매우 적은 수의 개체 또는 심지어 몇 개의 종자에서 유래했다는 점에 주목할만한 가치가 있다. 따라서 전문가들은 현재 전 세계 아라비카 개체수의 유전적 기반이 제한적이라고 말한다 (유전적 다양성이 낮다는 의미). 아라비카 커피 나무는 50만 년 전 두 야생 종인 Coffea ca.. 2024. 6. 15. 아라비카 커피 기원의 싱글 다배체화 사건이 극히 낮은 유전적 변이의 원인 Coffea arabica는 C. eugenioides와 C. canephora에 가장 밀접하게 관련된 두 종 간의 이종교배 (hybridization)로 인해 생성된 allopolyploid species (이질배수체 종) (2n = 4x = 44)이다. [1] C. arabica의 이질배수체 종분화 (allopolyploid speciation)는 지금으로부터 10,000년 또는 665,000년에 달하는 것으로 추정되는 넓은 시간 간격을 가지고 있다 [2,3]. 많은 열대 나무 작물들과 달리, 아라비카 커피는 클론으로 번식하지 않는다. 재배품종들과 재래 원시품종들 (landraces)이 일반적으로 종자로 번식된다. 교배 시스템은 주로 자가수정 (self-fertilization)을 기반으로 하지만,.. 2024. 6. 5. 프랑스 동인도회사와 부르봉 섬 Reference = 프랑스의 커피 도입, 커피나무의 역사Germain-Étienne Coubard d'Aulnay (1832) 著, 『Monographie du café, ou Manuel de l'amateur de café : ouvrage contenant la description et la culture du cafier, l'histoire du café, ses caractères commerciaux, sa préparation et ses propriétés』 커피가 프랑스에서 자리잡기 시작한 것은 커피가 채택된 지 불과 10년 만이었다. Leonard Rauwolf가 1583년에 처음으로 Cafier를 언급했기 때문에 이전에 그곳이 전혀 알려지지 않았던 것은 아니다. 파도바 .. 2024. 5. 23. SSR Genotyping 일반적으로 SSRs 또는 미소부수체(microsatellites)로 알려진 단순 반복 염기서열 (Simple sequence repeats)은진핵생물 게놈(eukaryotic genomes)에서 발견되는반복적인 DNA 서열(repetitive DNA sequence)의 한 유형이다. SSR은 [A]n (모노뉴클레오티드 모티프 mononucleotide motif) 또는 [CT]n (디뉴클레오티드 모티프 dinucleotide motif)과 같은 짧은 (1-6 bp) 모티프의 반복으로 구성된다 [1]. 식물에서는 게놈 서열(genomic sequence) 50kbp마다 대략 하나의 SSR이 있다 [2]. ♣ bp = base pair (DNA 길이를 나타내는 단위) S.. 2024. 5. 14. 이전 1 2 3 4 5 6 다음
